La ciencia del método, según se desprende de la teoría, se define como metodología. Esta palabra, además, permite aludir al conjunto de métodos que se tienen en cuenta en el marco de una exposición doctrinal o de una investigación científica. En la práctica, es posible distinguir entre la metodología propia de las ciencias sociales (la cual engloba estrategias como la experimentación, las encuestas y la observación) y la metodología asociada a las ciencias humanas.

De buscar información más precisa sobre este tema, podremos conocer alternativas concretas como el caso de la metodología económica, la cual está abordada, por ejemplo, por la Filosofía de la Economía. La metodología arqueológica, por su parte, es importante al momento de hacer planificaciones sobre excavaciones y poder analizar los materiales hallados.

Cuando se hace referencia a las metodologías activas, en tanto, se pone el foco en las interacciones comunicativas en el ámbito educativo que permiten fortalecer el vínculo entre docente y estudiante, haciendo que este último se enriquezca a partir de un proceso constructivo.

La metodología de Booch (tal como se conoce a una técnica que se usa en Ingeniería de software), la metodología de la Historia que usan los historiadores, la metodología del Retorno a la Alegría (impulsada por Cruz Roja y Unicef para que niños y jóvenes afectados por situaciones de emergencia se recuperen a nivel psico-afectivo) y la metodología del paciente trazador (herramienta que permite evaluar la atención brindada en centros de salud) son otras opciones que demuestran la diversidad existente en materia de metodologías.